Действие первое

После увертюры (оркестрового вступления) к зрителям выходит птицелов, беспечный, словоохотливый малый по имени Папагено, и, поприветствовав их, весело и непринуждённо принимается рассказывать совершенно невероятную историю, приключившуюся с ним и принцем Тамино, благодаря которой… Впрочем, всё по порядку. Итак…

Однажды, сбившись с пути, юный принц забрёл в тёмную-претёмную лесную чащу. Неожиданно со страшным шипением на него набросилась гигантских размеров змея – а стрелы, на беду, были все израсходованы. Предчувствуя неминуемую гибель, Тамино лишается сознания. Очнувшись же, видит, что ужасное чудовище убито. Появившегося в этот момент птицелова Тамино принимает за своего спасителя. Папагено, не жалея красок, расписывает собственный «подвиг». На самом деле змею сразили три феи Царицы Ночи. За ложь и хвастовство он сурово наказан вернувшимися дамами – вместо сладостей, которыми обычно баловали Папагено, они преподносят ему воду и в завершение замыкают его болтливый рот.

Принц получает в подарок от Царицы Ночи хрустальный шар с портретом её дочери, Памины, похищенной злым колдуном Зарастро. Пленница томится в замке чародея. Тамино тут же влюбляется в девушку, изображённую на портрете, и готов любой ценой освободить её. Наградой храбрецу будет рука и сердце Памины. Дамы вручают Тамино флейту, наделённую волшебной силой, – она поможет преодолеть все препятствия, а в спутники дают Папагено, которого, в свою очередь, одаривают шарманкой, заставляющей плясать каждого, кто её услышит. Трусоватый птицелов не слишком-то жаждет сопровождать принца в таком опасном путешествии. Но ослушаться приказа Царицы Ночи он не смеет! Тамино и Папагено отправляются во владения Зарастро, а проводить их туда поручено трём мальчикам.

Достигнув замка Зарастро, Папагено, всю дорогу плетшийся позади, случайно забредает в сад. Здесь он сталкивается лицом к лицу с мавром Моностатосом, приставленным стеречь Памину. Птицелов и коварный мавр ошеломлены, напуганы внешностью друг друга. В конце концов Моностатос обращается в бегство. Папагено, оставшись наедине с Паминой, рассказывает девушке о любви к ней принца Танино, данной им клятве спасти её из неволи и предлагает немедленно бежать.

Тем временем Тамино и трое мальчиков подходят к воротам священного Храма Мудрости, охраняемым дикими зверями. Услышав звуки Волшебной флейты, они становятся дружелюбными и расступаются перед путниками. Жрец, встречающий их у входа в храм, раскрывает обман Царицы Ночи: Зарастро – вовсе не злой волшебник, а мудрый и справедливый правитель, похитивший Памину по велению богов.

Папагено также выручает его чудесная шарманка. У стен храма птицелова и Памину настигает Моностатос со стражей. Последний уже готов схватить беглецов, как вдруг звуки шарманки заставляют его пуститься в пляс. Восторженные возгласы толпы возвещают о приближении Зарастро. Волшебник открывает Тамино, что судьба его предрешена: он будет защитником Храма Мудрости от Царицы Ночи, жаждущей уничтожить обитель справедливости и добра. В награду боги отдадут Памину в жёны принцу. Вот для чего Зарастро похитил девушку у её матери. Однако прежде Тамино должен подвергнуться испытаниям. Папагено также обещана подружка, если он выдержит обряды посвящения.

Действие второе

Широкий двор храма. Сюда жрецы привели Тамино и Папагено. Они должны хранить молчание. Неожиданно появляются дамы с копьями – приближённые Царицы Ночи. Они угрожают путникам гибелью, заклиная вернуться к их повелительнице. Папагено разражается болтовнёй. Тамино же не произносит в ответ ни слова. Жрецы приветствуют принца, устоявшего перед сильнейшим соблазном, и объявляют, что он допущен к следующему испытанию.

Под покровом ночи хитрый Моностатос украдкой пробирается в сад, где под пальмой спит Памина. Он тоже влюблён в неё. В то мгновение, когда мавр собирается её поцеловать, раздаётся грозный голос Царицы Ночи. Моностатос в страхе спешит скрыться. Памина счастлива видеть мать. Но Царица прибыла сюда для того, чтобы приказать дочери убить Зарастро. Вручив ей кинжал и пригрозив в случае неповиновения отречься от неё, колдунья исчезает. Моностатос, подслушавший их разговор, угрожая Памине разоблачением, требует её любви. Она отказывается ответить ему взаимностью. Памину спасает Зарастро. Он знает о кознях Царицы и объясняет своей подопечной, что в стенах этого храма нет места для мести и только любовь связывает здесь людей.

Папагено, запутавшийся в лабиринте дворцовых переходов, чувствует печаль и одиночество, о чём и поёт в своей арии. Он не прошёл обряда посвящения и почти потерял надежду встретить подружку. Вдруг словно из-под земли вырастает дряхлая старуха. Угрожая всяческими напастями, она требует поклясться ей в верности. Едва напуганный птицелов соглашается на такой брак, как ведьма оборачивается юной девушкой в ярком наряде, в пару Папагено. Её имя – Папагена! Восторгу птицелова нет предела, но жрец объявляет: жену ещё предстоит заслужить. Папагена исчезает. Свирепый лев, служащий Зарастро, загоняет незадачливого болтуна в мрачное подземелье замка.

Тамино осталось преодолеть последнее препятсвие: испытание огнём и водой. В ту минуту, когда он уже готов войти в ужасные врата, вбегает Памина. Она желает лишь одного – разделить судьбу принца. Под напев Волшебной флейты они бесстрашно проходят сквозь пламя и бушующие волны. Жрецы торжественно венчают принца и принцессу коронами Мудрости и Красоты. Отныне они будут неразлучны.

Между прочим, Папагено тоже получил в жёны свою ненаглядную Папагену. Боги простили ему его слабость. Конечно, он не удостоился чести войти в круг избранных, чему, надо признаться, нисколько не огорчился и жил припеваючи со своей жёнушкой Папагеной и целой кучей детишек, Папагенчиков, таких же болтунов и сорванцов, как их родители. И все они жили долго и счастливо и, если не умерли, то живы и по сей день.